诸部首领俯首听命，誓死效忠。
其次，准噶尔虽败，但其残部仍盘踞西域，不可不防。
康熙遂于漠北要地科布多、乌里雅苏台等处增设驻防，调遣满洲、蒙古八旗精锐镇守，并修筑驿站、粮仓，确保军需畅通。
同时，命费扬古率军继续清剿准噶尔残部，严防死灰复燃。
此外，康熙帝对归降的准噶尔部众采取分化之策：凡愿归顺者，编入蒙古八旗，赐予牧地；顽抗者，则发配边疆屯田，以绝后患。
此战不仅震慑了蒙古诸部，亦使沙俄为之震动。
康熙趁势派遣使臣至尼布楚，重申《尼布楚条约》之议，警告俄人不得再暗中支持准噶尔残余势力。
俄使闻讯，连忙上表称愿遵守旧约，不敢再生事端。
同时，康熙对西藏、青海等地亦加强管控，命理藩院遣使安抚达赖喇嘛及和硕特部，确保西南边疆安稳无虞。
待诸事安排妥当，康熙终于下旨回銮。
临行前，他登高远眺漠北草原，对随行大臣慨然道：“朕此战非为开疆，实为安民。今噶尔丹既灭，蒙古归心，朕心甚慰。然治国如驭马，弛张有度，不可懈怠。”
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